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  • 發布時間:2020-09-01 13:06 原文鏈接: 熒光定量PCR實驗指南5

    您可以選擇熒光染料SYBGREEN體系,具體請參照說明書。
    您可靈活使用20-50ul間其他體積,注意保證終濃度相同。
    A2010A0106試劑盒:
    反應體系終濃度(自配熱啟動熒光系統):
    1-2U的hotstartTaq酶、3-5.5mM的Mg2+ 、0.2mM的dNTPs、1×PCRbuffer(A2010A0106);50-900nM的上游引物(可先設200nM)、 50-900nM的下游引物(可先設200nM)、200nM的探針、通常取2-5ul的模板,無菌去離子水補足,反應總體積通常為 20-50ul
    自配熱啟動熒光-UNG體系:
    1-2U的Taq酶、1×PCRbuffer、 2.5-4.0mM的Mg2+(A2010A0105);0.2-1U的UNG酶(A2010A0107)(可先設為 0.5U)、0.2mM的d(A,C,G)TPs、0.2-0.4mMdUTP(要調整)(A2010A0108);50-900nM的上游引物(可先設200nM)、50-900nM的下游引物(可先設200nM)、200nM的探針、通常取2-5ul的模板、反應總體積通常為20-50ul。
    3、反應體系和條件的優化:
    使用高產量,特異和靈活的定量PCR試劑體系FQ PCR MASTER Mix-UDG(hot start),優化參數最少。您只需要優化退火溫度,就可以得到更靈敏、更可靠的定量結果。對于特殊結構的熒光PCR,您可以優化引物濃度,來得到更特異或更靈敏的結果。
    使用通用PCR Master Mix 試劑盒進行反應體系的配制,可以適合更多的反應體系,如mRNA的普通RT-PCR檢測,適用于合成質粒的PCR,同時也適用于熒光PCR,范圍更寬。


    采用成套的hot start Taq酶 kit(A2010A0106),該試劑盒中含有進行熱啟動熒光核心試劑盒的所有成分,也降低了選擇純度不夠或不合適產品的風險。您需要根據以下原則進行優化:
    1、您需要對酶量和鎂離子濃度進行優化。酶的推薦反應濃度為1.25-1.5 U(50ul),必要時可在1-2U之間探討酶的最佳條件;Mg離子推薦濃度普通PCR終濃度為1-3 mM, 熒光PCR終濃度為3-5.5 mM,請在該范圍內探討最佳條件。
    2、試劑盒中提供的dNTP已經預混,能夠充分保證產品質量和PCR的忠實性。dNTP選擇經典的0.2mM的濃度即可。
    3、另外,上游引物和下游引物濃度可先設為200 nM。當結果不理想時,可以在50nM-900nM之間進行探討。


    4、 如選用Taqman探針,探針濃度可設為200 nM,不須探討。選擇其他種類的探針需根據要求設置探針濃度。
    5、可以先用推薦的反應條件,如果結果不佳,可根據引物、探針設計的具體情況適合的退火溫度,退火時間和循環數。
    6、DNA模板的添加量通常在100 ng以下,因不同種類的DNA模板中含有的靶基因的拷貝數不同,必要時可進行梯度稀釋,確定最佳的DNA模板添加量。如果欲進行2 Step RT-PCR反應的第二步PCR擴增反應,第一步的RT反應液作為DNA模板時的添加量不要超過PCR反應液總體積的10%。
    7、稀釋所有探針、引物或配制模板請使用無菌雙蒸水或Tris溶液。所有反應容器應保證無菌無酶無熱源。如進行RNA反應應采用無RNA降解酶的水和容器進行操作。
    如采用hot start Taq酶來配制與A2010A0101相同的熱啟動熒光體系(含UNG/dUTP防污染體系),您可以選擇A2010A0105,A2010A0107和 A2010A0108進行。與A2010A0106不同的是除了以上的優化步驟外,還增加了對UNG/dUTP系統進行探討。建議先使用 A2010A0106優化好產品體系后,再來優化該防污染系統。
    0.2-1U的UNG酶(A2010A0107)(可先設為0.5U)、 0.2mM的d(A,C,G)TPs、0.2-0.4mMdUTP (A2010A0108)。反應條件如酶量、Mg離子等都已經調好(參照A2010A0106),您可以固定d(A,C,G)TPs的濃度為0.2mM,并設定UNG濃度為0.5U(50ul),dUTP濃度也設為0.2mM,初步來看反應結果。如結果不理想可調整dUTP濃度(上調)。直至得到滿意結果。并可進行防污染能力測試(用含U的擴增片斷進行)。
    請參照3:影響PCR及熒光PCR 的其他因素進行優化。總之,優化的指標越多,實驗的不確定性就越大。避免在操作中引入更大的不確定性和不可重復性。可參照的QPCR MASTER Mix-UDG(hot start)使用注意事項。
    4、適用的熒光儀器、實驗設計、熒光曲線和數據分析;
    目前市場上有許多種實時PCR儀:其中包括ABI7700,ABI7900,ABI7000 (Applied Biosystems);MX4000 (Stratagene);iCycler (Bio-Rad);Smartcycler(Cepheid);Robocycler (MJ Research);Lightcycler (Roche);ROTORGENE(CORBERT) ;杭州博日(Linegene)。
    不同的儀器使用方法有所區別,但都具備對Taqman 探針和sybgreen 染料法的檢測波長和檢測能力。QPCR MASTER Mix-UDG(hot start)和通用PCR Master Mix均適合在這些儀器上進行使用。
    為確保實驗數據的有效性,每次實驗都設陰性對照和4個標準品,每個樣品都平行做2個復孔。
    基線或閥值的設定 通常是以10-15個循環的熒光值作為閥值,也可以以陰性對照熒光值的最高點作為基線


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