原則一
每個反應只檢測一個基因的，方法就比較簡單，對5’端熒光基團的選擇以及3’端淬滅基團的選擇余地都是比較大的。比如5’-FAM + 3’-BHQ，就是比較常見的方案。
下表為常用熒光染料（基團）的顏色及波長參數，供參考。
原則二
如果在每個反應中要檢測的目的基因不止一個，那么盡量選擇波長區別較大的發光基團。
一般熒光定量PCR儀常有數個不同的熒光通道。理論上可以通過設置不同的熒光基團、從而達到在一個孔里內同時檢測多個基因的目的。
上表中給出的數值只是波長峰值，事實上每種熒光都是呈正態分布的，都有一定的帶寬，互相之間都會一些或大或小的交集（見下圖）。也就是說，如果兩個通道峰值波長相差不是很大的話，是有可能在此通道中檢測到另一個通道的熒光值的。所以在選擇熒光基團的時候要注意這一點。盡量選擇波長差距較大的通道，這樣可以盡量避免不同熒光通道之間的互相干擾。
原則三
ROX可能要特殊考慮。有些型號的熒光PCR儀會使用ROX通道來進行光學校正，通常會占用一個ROX通道。比如ABI公司的某些型號的熒光定量PCR儀就是這樣的，所以在選擇熒光基團時要注意這一點。而伯樂、羅氏等公司的儀器由于設計原理一般不需要作此考慮。這里就請您先了解一下您的儀器型號了
原則四
淬滅基團的選擇要與發光基團相對應。并不是所有的發光基團都可以用同一個淬滅基團來“統一”淬滅的。每種發光基團都有自己相對應的最適合的淬滅基團。下圖列出了常見發光基團與淬滅基團的對應關系。
以上就是有關在熒光基團的選擇知識，在做熒光定量PCR時，熒光基團選擇可以參考上面整理的四個原則。