相對定量
相對定量，顧名思義，它的結果是一個相對的值，沒有單位。與誰相對呢？就是傳說中的“內參基因”，又名“持家基因”，即housekeeping gene。
那為什么在相對定量里一定需要它呢？
打個比方：假如你要研究某個基因，提取完樣品的RNA然后逆轉錄再做PCR，發現結果是空空如也，那是不是表示樣品就沒有這個基因呢？其實未必! 因為這里有個兩個可能：一是在這個樣品中確實不存在這個基因所以你檢測不到；二是你的提取操作或者PCR操作出了點問題導致這個基因雖然存在但你在結果中無法發現它。所以要用到內參基因來校正一下。
常見的內參基因有beta actin，GAPDH等。內參基因就相當于一個標尺，每個目的基因都要用它校正一下才能準確計算出其表達量。比如你要研究幾個不同樣品中的某個mRNA，但它的表達量可能會因生物體本身的自然狀況或者人為的外來干預而表達量有所不同，而從樣品中提取出的RNA總量由于操作問題也有可能不盡相同。但由于內參基因的mRNA的表達是很穩定的，你可以理解為它的mRNA在任何時間任何地點都一直有穩定的含量，這個含量在總RNA中的比例是固定的，無論總RNA是多還是少，這個比例是穩定不變的。所以在做PCR的時候，每個樣品一定要做一個內參基因的PCR。一個提取良好的樣品去做內參基因的PCR是應該一定能做得出來的。這就是傳說中的“陽性對照”。而最終你要計算目的基因（可能有多個）的表達量，就是用目的基因的數值，去除以內參基因的數值。一般用RQ（Relative Quantification，相對定量），或者Fold Change來表示。因為得到的數值是個比值，是沒有單位的，這就是它的“相對表達量”。
絕對定量
另有一些實驗則不是這樣的，與mRNA無關。
比如我想知道的是某個基因在DNA水平上它到底有多少個。這時就需要絕對定量了。絕對定量是有單位的，是指在每單位重量或體積的樣品中有多少個這個基因。理論上可以具體到個數，但一般來說精確到的“個數”應該不是很可信的，通常精確到數量級（即10的幾次方）就可以了。
那么具體的個數是怎么算出來的呢？這里就要用到傳說中的“標準曲線”，也即“標曲”了。說是“曲線”，其實我們得到的是一條直直的線，是直線才能用一次方程來算。
復習一下初中數學：Y=aX + b。這個方程中有兩個未知數：X和Y，還有系數a與截距b。這里Y即CT值，X即拷貝數（圖中橫座標是對數刻度，即10的幾次方）。Y，a，b三個值都可以通過實驗結果測得，代入方程，則X值——即拷貝數——就能算出來了。
這條線又是如何得來的呢？是我們用人工合成的質粒作為標準品，進行梯度稀釋作為PCR模板，跑出來的每個結果都在這個圖中對應一個點。幾個點都畫在圖中，基本上成一條直線。這條線有一個回歸系數（即R2），這個值越接近于1，說明這幾個點的連線越直，計算出的結果越精確。
當然上面說的是原理，事實上不用我們手工去計算。現在的qPCR軟件可以直接幫我們導出現成的結果。