熒光抗體與抗原反應，一般在25～37℃，30分鐘，不耐熱抗原的檢測則以4℃過夜為宜。
(一)直接法：
用特異熒光抗體直接滴加于標本上。本法操作簡便，特異性高，非特異熒光染色因素少；缺點是敏感度偏低，需制備特異性的熒光抗體。
(二)間接法：
可用于檢測抗原和抗體，普通一抗+熒光二抗。靈敏度高，僅需一種熒光抗體。
(三)雙標記法：
FITC及羅丹明分別標記不同的抗體，而對同一標本做熒光染色。
(四)熒光抗體染色結果判斷：
在每次實驗時均需設立實驗對照(陽性和陰性對照)。陽性細胞的顯色分布有胞質型、胞核型和膜表面型三種類型。臨床上根據特異性熒光強度達“+”(為熒光較弱但清楚可見)以上判定為陽性。