（一）直接法：用特異熒光抗體直接滴加于標本上，使之與抗原發生特異性結合。本法操作簡便，特異性高，非特異熒光染色因素少；缺點是敏感度偏低，且每檢查一種抗原需制備相應的特異熒光抗體。
（二）間接法：可用于檢測抗原和抗體。本法有兩種抗體相繼作用，第一抗體為針對抗原的特異抗體，第二抗體（熒光抗體）為針對第一抗體的抗抗體。本法靈敏度高，而且在不同抗原的檢測中只需應用一種熒光抗體。
（三）雙標記法：本法用FITC及羅丹明分別標記不同的抗體，而對同一標本作熒光染色。在有兩種相應抗原存在時，可同時見到橙紅和黃綠兩種顏色熒光。