熒光顯微鏡CCD一般具有良好的弱光捕捉能力,能夠捕捉到極其微弱的熒光,因此成像能力好,此外,很多熒光冷CCD生產上搜對此類CCD作了制冷處理,使得此類CCD的噪音大大降低,信噪比得以很大的提高。由于其方便應用效果,此類CCD相機被廣泛應用于熒光顯微鏡。