熒光定量PCR法檢測的是SYBR Green摻入到雙鏈DNA中的量。SYBR Green摻入到雙鏈DNA中后會發出熒光。但是只要是雙鏈，它都摻。
而探針法是當探針結合到目標序列上以后，聚合酶降解探針后，探針上自帶的熒光基團離開淬滅基團，從而發出熒光。
從兩者的原理上來看，不難判斷，熒光PCR法更加簡單方便，而且成本低。而探針法特異性更強。
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