包合物是一種特殊類型的化合物。由分子被包在晶體結構的空腔或大分子固有的空腔中形成。各組分間按一定的比例結合，但不是靠化學鍵力而是靠組分間緊密吻合，使較小的分子不致脫離。分子的幾何形狀是決定因素。分為三類：
結晶包合物
結晶包合物，化合物被包在分子晶體的空腔中，如直鏈烴被包在尿素晶體結構中形成的管道狀包合物，可用以分離不同大小的烴；
分子包合物
分子包合物，包在較大的有孔穴的環狀分子中，如淀粉的降解物環糊精呈現出大環形的分子排列，可與烴、碘、鹵代烷、芳烴等形成包合物；
大分子包合物
大分子包合物，分子篩、蛋白質的吸附化合物和藍色的淀粉-碘化合物等屬此類。聚乙烯醇的藍色碘包合物在伸張狀態中呈現出強烈的二色性，工業上用以制造(光)偏振片和護目鏡。分子篩在工業上廣泛用于分離烴類和石油裂解。大分子包合物在生物體內可能起重要作用。
常見的包合物有氫醌和惰性氣體元素的加合物，尿素和烷烴的加合物，硫脲和烴的加合物，冠醚類復合物。