離子阱中的穩定區域可以通過馬紹方程計算出來，化合物離子在特定的射頻電壓下按照特定頻率移動，增加RF 電壓， 離子的頻率（q 值）將會增加，逐漸提高射頻, 使離子從低m/z 到高m/z 逐漸依次離開，完成掃描。
圖3. 離子阱掃描原理
Thermo ZL的線性離子阱質譜
作為離子阱質譜的領導者，Thermo ZL的線性離子阱提供最快的速度同時保證優異的靈敏度
● 離子沿著中心線方向聚集，同時也減少了空間電荷效應，極大提高離子容量；
● 雙徑向檢測器設計同時檢測離子，離子檢測速度更快，響應強度更高，信號更加穩定；
● 離子捕獲效率更高，獲得更高的靈敏度，進行更多級數的碎裂；
蛋白質組學
● 最大序列覆蓋率，源自卓越的循環時間和靈敏度
● 自動MSn 觸發數據依賴中性丟失掃描
● 靈活的離子化模式、進樣口和色譜解決方案
藥物研發定量
● 優異的離子統計學使定量穩定可靠
● 碰撞能量歸一化獲得最高工作效率
● 為規范實驗室提供同時定性和定量數據
法醫和臨床分析
● 持久穩定性適應復雜基質樣品可靠定量
● 正、負離子模式下同時定量和定性
● 簡便地操作提高實驗室效率
代謝物鑒定
● 出色的MSn 譜圖質量和全掃描采集技術
● 低濃度代謝物結構確認，無需了解MRM 信息
● 數據依賴和動態排除技術可以從復雜樣品中獲得最多信息
數據采集
多種掃描方式
Thermo 離子阱提供豐富的采樣模式，既有通用模板幫助快速建立分析方法，又有拓展功能滿足深入分析的需要。
注：Zoom 掃描是通過降低掃描速度增加分辨率的一種離子阱掃描方式
目標雜質分析
雜質研究過程中通常需要對藥物中的已知或目標雜質進行分析，離子阱的選擇反應監測（SRM）可對雜質特定的母離子和子離子進行掃描，保證結果的特異性和準確性，連續反應監測（CRM）更可對雜質特定的母離子，子離子和多級離子進行掃描，獲得更高的靈敏度和抗干擾能力。下圖中采用SRM 對目標化合物的母離子m/z 258 和子離子進行掃描，可看到在2.65min 有一明顯色譜峰，在采用CRM 進一步對目標化合物的三級離子m/z 133 進行掃描后，2.65min 的化合物背景干擾明顯降低，信噪比有了大幅提升。
圖4. 多級質譜提供更高的特異性與靈敏度