在選擇治療藥物時，可以參照以上的藥物篩選結果，因嗜水氣單胞菌的變異菌株較多，多數菌株對氟哌酸、菌必治敏感，所以要特別注意療效，一般施藥后病情有明顯好轉，死魚大量減少，說明使用該藥物有效。否則應及時換藥。如選用口服藥時，應注意所選藥物腸道的吸收情況。其次是用藥量要準確，施藥量要達到最低殺菌濃度，各種藥物的性質不同，用量也不同，如大黃常用量為飼料量的千分之十二，痢特靈為千分之二至三，服用磺胺藥第一次用量要加倍等。此外施藥方法要科學，中草藥可使用煎劑，也可使用散劑，但必須以利于吸收；全池潑灑要選晴天上午，潑灑要均勻，怕光的藥物全池潑灑時，要在下午傍晚進行。
疫苗免疫：淡水魚類細菌性敗血癥目 前已經可以通過接種疫苗來控制。我國在嗜水氣單胞菌全菌滅活苗、減毒活疫苗和菌體成分亞單位苗的制備上已取得了一定的成果，然而該菌血清型眾多，不同地區、不同魚種之間分離的菌株差異明顯，必須經過調查后才能使用，目 前區域實驗結果顯示，有70%以上的保護率。弱毒疫苗存在毒力反強等原因而導致免疫效果不佳。近些年針對嗜水氣單胞菌的保護性抗原基因構建的基因工程疫苗以及更新一代的核酸疫苗，都具有較好的免疫保護效果，但仍處于試驗探索階段。