1、感染性腹瀉病：
（1）水樣便腹瀉（約占705）多為病毒或產毒素性細菌感染，一般不用抗生素。
（2）如伴有明顯中毒癥狀不能用脫水解釋者選用抗生素治療。
（3）粘液膿血便患者（約占30%）多為侵襲性細菌感染，可選用口服慶大霉素，多粘菌素E，黃連素，氯霉素，痢特靈，復方新諾明，丁胺卡那霉素，小兒慎用氟哌酸。
（4）偽膜性腸炎為難辨梭狀芽胞桿菌，應立即停用已用抗生素，選滅滴靈，萬古霉素，利福平等口服。霉菌性腸炎首先停用抗生素，采用制霉菌素，酮康唑或克霉唑口服。
（5）阿米巴痢疾及蘭氏賈第鞭毛蟲腸炎采用滅滴靈口服。
（6）隱胞子蟲腸炎采用大蒜素口服。
2、對遷延性或慢性腹瀉病患者，抗生素僅適用于分離出特異病原的病例，并要根據藥物敏感試驗結果選擇藥物。
3、微生態療法：目的在于恢復腸道正常菌群的生態平衡，抵御病原菌定殖侵襲，有利于控制腹瀉，可選用促菌生，回春生，增菲康，樂托爾等。
4、補充微量元素與維生素：鋅、鐵、維生素PP，A，B12和葉酸，有助于腸粘膜的修復。