肛瘺有間歇期和發作期。間歇期會完全沒有癥狀，這時可以不用藥。發作期出現流膿、紅腫、疼痛等癥狀，如果不能馬上手術，也可以采取藥物治療暫時緩解癥狀。
（1）外治 用消腫止痛洗劑坐浴，外涂金黃膏。
（2）使用抗生素 急性發作期可以使用抗生素，但一般不要超過一周。
（3）中藥內服 用萆薢滲濕湯加化毒除濕湯加減，伴發熱用仙方活命飲。
