腸型貝赫切特綜合征沒有特異性的藥物治療。
（1）氨基水楊酸制劑柳氮磺吡啶（SASP）是治療本病的常用藥物。
（2）糖皮質激素皮質激素一般在炎癥明顯時或對氨基水楊酸制劑療效不佳者使用。
（3）免疫抑制藥適用于對糖皮質激素治療效果不佳或對糖皮質激素依賴的慢性活動性病例，加用這類藥物后可逐漸減少糖皮質激素用量甚至停用，可選擇以下免疫抑制藥中的一種：環磷酰胺（CTX）、硫唑嘌呤（AZP）或巰嘌呤（6-MP），使用時要注意其副作用。
（4）其他藥物眼癥出現時可應用秋水仙堿，口腔潰瘍可使用激素軟膏涂布，此外還可以試用左旋咪唑、轉移因子等，臨床評價不一。