首先需明確，該病的藥物治療應在醫生指導下進行。醫生會根據相關實驗室檢查結果，對確診為真菌感染的患者采用藥物治療，可口服或局部應用抗真菌藥進行治療。常用藥物如下。
1、制霉菌素
能夠抑制白色念珠菌的快速生長和繁殖，不同年齡段兒童的用法用量不同，需在醫生指導下進行。
通常情況下，在治療2周內可起效，不過往往仍需要持續治療至消退后2~3天。如超過2周仍未起效，可能與母親乳頭沒有用藥治療或者奶瓶沒有消毒反復感染有關，應及時就醫復診進行調整。
2、氟康唑
口服氟康唑能夠殺滅白色念珠菌，治療效果較制霉菌素好。對于小嬰兒，如果涂抹制霉菌素無效，可以選擇口服氟康唑；大于1歲的孩子，中度以上的鵝口瘡首選口服氟康唑治療；有免疫功能受損的嬰兒，首先口服氟康唑治療。
常見不良反應：該藥物可能會引起惡心、嘔吐、腹脹、食欲減退等胃腸道不舒服；偶有過敏反應，個別孩子可能有輕度一過性肝功能異常。