原發病的治療：即病因治療，在獲得性巨結腸治療中很重要，因為隨著原發病的治療，巨結腸可以得到相應的緩解或控制和治愈。
(1)發生在呆小病和甲狀腺功能低下的各個階段的巨結腸，甲狀腺替代治療是有效的，可以很快得到治愈。
(2)原發性淀粉樣變所致巨結腸對苯丙酸芥的治療有效，但對繼發于慢性炎癥的淀粉樣變治療是困難的。
(3)帕金森病中發生的巨結腸，如果是因為長期服用抗膽堿能藥物和便秘所致，停藥后會恢復。
(4)糖尿病性神經病變所致巨結腸，因糖尿病的正規治療不能治愈糖尿病性神經病變，所以只能是癥狀性治療。
(5)精神性巨結腸的治療為保守治療，保持減壓。如巨結腸神經節細胞退化可行回腸直腸次全切除。但最好的治療是預防，養成定時排糞的習慣，以建立良好的排糞條件反射，增加食物纖維的攝入，盡可能避免藥物。
(6)中毒性巨結腸應緊急行外科手術治療。器質性結腸疾病應早期發現、治療和手術。