菌毛類型很多，根據菌毛功能可將其分為兩大類：普通菌毛(Common pili)和性菌毛(Sex pili或Conjugal pili)。
普通菌毛
普通菌毛的功能是使菌體粘附至宿主細胞表面，在感染中起啟動作用。在霍亂弧菌、致病性大腸桿菌、志賀桿菌、淋球菌等研究中，均發現菌株菌毛的粘附力和致病力間有良好的相關性。 [5] 例如腸道菌的I型菌毛，它能牢固的吸附在動植物、真菌以及多種其他細胞上，包括人的呼吸道、消化道和泌尿道的上皮細胞上。菌毛的這種吸附性可能對細菌在自然環境中的生活有著某種意義。
性菌毛
性菌毛是在性質粒（F因子）控制下形成的，它比普通菌毛粗而長，中空呈管狀，數量少，一個細胞僅具1~4根。性菌毛是細菌傳遞游離基因的器官，作為細菌接合時遺傳物質的通道。現在很多學者趨向于用纖毛表示普通菌毛，而菌毛多指性菌毛。
帶有性菌毛的細菌稱為F+菌或雄性菌，無性菌毛的細菌稱為F-菌或雌性菌。F+菌體內的質粒或染色體DNA可通過中空的性菌毛進入F-菌體內，這個過程稱為接合。細菌的毒性及耐藥性等性狀可通過此方式傳遞，這是某些腸道桿菌容易產生耐藥性的原因之一。其功能有的可作為兩菌接合時傳遞遺傳物質的通道，有的是某些噬菌體感染宿主菌的受體。