通常采用的有單雜交、復合雜交、回交等雜交方式。
（1)單雜交即兩個品種間的雜交(單交)用甲×乙表示，其雜種后代稱為單交種，由于簡單易行、經濟，所以生產上應用最廣，一般主要是利用雜種第一代，如豐鯉、福壽魚。
（2)復合雜交即用兩個以上的品種、經兩次以上雜交的育種方法。如果單交不能實現育種所期待的性狀要求時，往往采用復合雜交，其目的在于創造一些具有豐富遺傳基礎的雜種原始群體，才可能從中選出更優秀的個體。復合雜交可分為三交、雙交等。三交是一個單交種與另一品種的再雜交，可表示為(甲×乙)×丙，例如(荷包紅鯉×元江鯉)×散鱗鏡鯉一三雜交鯉。雙交是兩個不同的單交種的雜交，可表示為(甲×乙)×(丙×丁)或(甲×丙)×(乙×丙)，例如(藍非鯽×尼羅非鯽)×(莫桑比克非鯽×尼羅非鯽)。
（3)回交即雜交后代繼續與其親本之一再雜交，以加強雜種世代某一親本性狀的育種方法。當育種目的是企圖把某一群體乙的一個或幾個經濟性狀引入另一群體甲中去，則可采用回交育種。如鯪魚具有許多優良性狀，但不能耐受低溫，需要進行遺傳改良。可先用耐受低溫的湘華鯪與鯪雜交，雜交子一代再與鯪回交，回交后代繼續同鯪進行多次回交，對回交子代選擇的注意力必須集中在抗寒性這個目標性狀上，從而最終育成一個具有抗寒性的優良的。