菌落總數的測定方法，看似非常簡單，但由于食品種類繁多，食品中可能存在的微生物菌群較多，要在同等條件下把所有的細菌培養出來，反應樣品的真實情況，實屬不易。
菌總計數容易會出現哪些問題呢？
1、在營養成分單一、保存條件苛刻的食品（水、水產品等）中，微生物復蘇、生長緩慢，培養48h計數時容易遺漏
2、一些食品處理后，仍存在類似菌落的顆粒狀雜質，很難判斷是菌落還是雜質
3、一些食品容易污染變形桿菌等運動性較強的蔓延菌，培養后無法計數。
關鍵是，能力驗證是考察實驗室檢驗能力的外部質量活動，組織方提供試驗樣本，在菌落總數項目上，一般會考慮增加上述難度。
防止蔓延的方法有哪些？
No.1 增加覆蓋一層瓊脂培養基
蔓延菌大多為需氧菌，覆蓋一層瓊脂的目的是隔絕空氣，降低需氧菌生長速度。
No.2 添加TTC
TTC（2，3，5-氯化三苯基四氮唑），不僅可以使菌落產生紅色，便于辨識，也可部分地抑制大片蔓延菌落的形成。
No.3 陶瓦蓋代替平皿蓋
用陶瓦蓋代替平皿蓋，可有效去除培養基表面水分，阻止細菌移動，有效抑制蔓延。傾注培養基凝固后，用陶瓦蓋（干熱滅菌）代替平皿蓋，正置放入培養箱培養。
?以上三種方法哪種最好呢？
