落地式高速大容量離心機轉子系統的不平衡是引起振動的主要原因，在導致離心機破壞的諸多因素中，轉子裝載不平衡和離心管插放不對稱是常見原因。
水平轉子和角轉子要把管套、離心管、管帽與樣品一起用天平進行稱重平衡。
區帶轉子不需要平衡，但在裝樣和取樣過程中轉子一定要平衡，整個管路要暢通，使分配到每個扇形室里的梯度液和樣品均勻。
超高速離心機成功使用垂直轉子的關鍵是離心管密封。在垂直轉子的離心過程中，管帽要受到管內液體的壓力，除了保證密封良好外，還要保證離心管、管帽與轉子的配合，使管內的空氣量減至最少，才能使離心管的塌陷程度降至最小。