根據生化反應和產生色素不同，可分為金黃色葡萄球菌（Staph.aureus）、表皮葡萄球菌(Staph. epidermidis)和腐生葡萄球菌(Staph.saparophytics)三種。
其中金黃色葡萄球菌多為致病菌，表皮葡萄球菌偶爾致病，腐生葡萄球菌一般不致病。60%-70%的金黃色葡萄球菌可被相應噬菌體裂解，表皮葡萄球菌不敏感。用噬菌體可將金葡萄菌分為4群23個型。腸毒素型食物中毒由Ⅲ和Ⅳ群金葡萄菌引起，Ⅱ群菌對抗生素產生耐藥性的速度比Ⅰ和Ⅳ群緩慢很多。造成醫院感染嚴重流行的是Ⅰ群中的52、52A、80和81型菌株。引起皰疹性和剝脫性皮炎的菌株經常是Ⅱ群71型。