致病葡萄球菌中以金葡菌致病性最強，主要與其產生各種毒素和酶以及某些細菌抗原有關。表葡菌和腐葡菌基本上不產生對人體具毒性的毒素和酶。
1.毒素
（1）溶血素 金葡菌可產生四種不同抗原型的溶血素，α，β，γ和δ，皆可產生完全性溶血。α溶血素尚可損傷血小板、巨噬細胞和白細胞，使血管平滑肌收縮導致局部組織缺血壞死。
（2）殺白細胞素 殺死白細胞和巨噬細胞或破壞其功能，使細菌被吞噬后仍可在細胞內生長繁殖。
（3）腸毒素 為產生食物中毒的外毒素，至少有A，B，C1，C2，D和E六種，口服少量即可引起嘔吐和腹瀉。
（4）表皮溶解毒素 此毒素可使皮膚表皮淺層分裂脫落產生大皰型天皰瘡等癥狀。
（5）產紅疹毒素 為噬菌體Ⅱ組71型金黃色葡萄球菌所產生，臨床上有猩紅熱樣皮疹。
（6）其他 如產生中毒性休克綜合征的毒素。
2.酶
葡萄球菌可產生蛋白酶、脂酶和透明質酸酶等多種酶類，這些酶的致病作用尚不明確，但具破壞組織的作用，可能促進感染向周圍組織擴散。此外還有幾種酶與致病和耐藥有關。
（1）血漿凝固酶 使血漿中的纖維蛋白原變成纖維蛋白，沉積于菌體表面，阻礙吞噬細胞的吞噬作用，并有利于感染性血栓的形成。
（2）β內酰胺酶 滅活β內酰胺類抗生素。
（3）透明質酸酶 此酶可水解人體結締組織細胞間的基質-透明質酸，使感染擴散。
（4）溶脂酶 金葡菌可產生數種溶脂酶，作用于血漿及皮膚表面的脂肪及油質，有利于細菌侵入人的皮膚及皮下組織。
（5）其他 尚有葡萄球菌激酶、過氧化氫酶、溶纖維蛋白酶等。
3.細胞抗原
（1）莢膜抗原 金葡菌的某些菌株有明顯莢膜，使毒力增加，機體可產生相應抗體。蛋白A（凝集原）是金葡菌細胞壁的組成部分，存在于90%的金葡菌。蛋白A可與IgG的Fc片段結合，具有抗調理素作用和抗吞噬作用的功能。
（2）細胞壁壁酸 為一種特異性抗原，金葡菌、表葡菌和腐葡菌的壁酸組成成分不同。
4.毒力基因的調控
金葡菌的毒力基因調控極為復雜，受多種環境因素和細菌產物的影響。目前研究較多的是agr基因和sar基因，這兩個基因可以上調細菌分泌蛋白的表達，減少細胞壁相關蛋白的合成。葡萄球菌的耐藥性：葡萄球菌是耐藥性最強的病原菌之一，該屬細菌具備幾乎所有目前所知的耐藥機制，可對除萬古霉素和去甲萬古霉素以外的所有抗菌藥物發生耐藥。