人體感染賈第蟲后，潛伏期平均為1～2周，最長者45天。相當一部分不出現任何臨床癥狀，成為帶蟲者，有出現輕微癥狀者，也有出現嚴重癥狀者，其臨床表現以腹痛、腹瀉、厭食多見，典型患者表現為以腹瀉為主的吸收不良綜合征，可有爆發性水瀉，惡臭、無膿血，含大量脂肪顆粒。兒童久病不愈可致營養不良、貧血、發育障礙等。如寄生在膽道系統，可出現膽囊炎或膽管炎。若不及時治療，多發展為慢性，表現為周期性稀便，反復發作，大便甚臭，病程可長達數年。可分為全身性癥狀、膽道系統癥狀和腸胃道癥狀3類。
1.全身性癥狀
（1）神經癥狀 如失眠、頭痛、乏力、眩暈、眼發黑、出汗、神經興奮性增強、肌腱反射亢進等較為常見。
（2）甲狀腺機能失調 曾有人發現部分（15.5%）藍氏賈第鞭毛蟲病患者的甲狀腺機能有改變，其中以甲狀腺機能亢進占大多數，基礎代謝增高16%～20%，部分患者可增高30%，因而也會產生甲狀腺機能亢進的癥狀。
2.膽道系統癥狀
藍氏賈第鞭毛蟲在膽道系統寄生，可以引起膽囊炎及膽管炎。主要癥狀為上腹部疼痛、食欲不振、消化不良、惡心、噯氣、胃部燒灼感、肝脾腫大、有壓痛，進食油膩時加重，有時可出現黃疸。
3.胃腸道癥狀
（1）十二指腸炎型 有似十二指腸潰瘍樣疼痛，伴有納差、低血壓等。X線檢查多顯示球部變形，甚至有潰瘍征。抗蟲治療后可以消除上述癥狀。
（2）急性或慢性闌尾炎型 癥狀與一般闌尾炎相似。切除的闌尾，呈炎性病變，黏膜有時可見潰瘍，絨毛間可發現大量滋養體。
（3）結腸炎型 主要癥狀有腹部鈍痛，陣陣加劇，伴惡心、嘔吐、腹瀉，常被誤診為痢疾。
（4）直腸乙狀結腸炎型 與一般直腸乙狀結腸炎相同。用乙狀結腸鏡檢查，可見彌漫性充血、水腫、嚴重者有圓形潰瘍，潰瘍表面覆有滲出性假膜。拭子檢查可見大量滋養體。無特殊病理改變。
急性感染的癥狀為突然發作，有暴發性腹瀉，水樣大便，很臭，伴腹痛等。所以急性期癥狀很像急性阿米巴痢疾或細菌性痢疾及沙門氏菌屬感染，應注意鑒別。有些患者出現亞急性感染癥狀，主要表現為間歇性稀便、腹部疼痛、食欲不振等。慢性患者最為多見，表現為周期性稀便，反復發作，大便甚臭，因患者不加重視，病程往往可長達數年。慢性感染的兒童每有體重減輕，發育滯緩，患者常有乳糖、木糖、維生素A和維生素B12以及脂肪吸收異常。