在一些營養豐富的水體中,有些藍藻常于夏季大量繁殖,并在水面形成一層藍綠色而有腥臭味的浮沫,稱為“水華”,大規模的藍藻爆發,被稱為“綠潮”(和海洋發生的赤潮對應)。綠潮引起水質惡化,嚴重時耗盡水中氧氣而造成魚類的死亡。
藍藻爆發會導致嚴重的水污染事件,最嚴重的一次危機為2007年太湖藍藻污染事件。當年6月,太湖藍藻大爆發,幾十厘米厚的藍藻覆蓋所有水面。據無錫市政府公布的統計數據,除無錫水廠外,其余占全市供水70%的水廠水質都被污染,水龍頭里放出的水又黃又臭,200萬無錫市民生活飲用水受污染,市區純凈水被哄搶,政府雖及時采取措施,但已經對人民的生活產生很大的影響。其后,盡管國家下了大力氣治理太湖污染,藍藻依然每年爆發。