失活
蛋白激酶A的下調通過反饋機制發生，并涉及多種水解cAMP的磷酸二酯酶（PDE），它們屬于PKA激活的底物。磷酸二酯酶快速轉化cAMP為AMP，從而減少可激活蛋白激酶A的cAMP的量。PKA也受一系列復雜的磷酸化事件調節，其可包括自身磷酸化修飾和被調節激酶如PDK1的磷酸化。〔此外，催化亞基本身也可以被磷酸化來下調。
定位
PKA的調節亞基二聚體對其細胞內定位是重要的。二聚體的二聚和對接（dimerization and docking, D/D）結構域與A激酶錨蛋白（AKAP）的A-激酶結合（A-kinase binding, AKB）結構域結合。AKAP將PKA定位于細胞內的不同位置（例如，質膜、線粒體等）。