早期的蛋白質或多肽的二級結構擬合計算方法中,主要采用多聚氨基酸為參考多肽。Greenfield 等
采用多聚L2賴氨酸作參考多肽,建立α2螺旋、β2折疊及無規卷曲等二級結構參考CD 光譜曲線,采用單
一波長法(208nm) 計算出α2螺旋含量后,然后假設不同的β2折疊含量( Xβ) 值,并假設CD 值是α2螺旋含
量( XH) 、β2折疊含量( Xβ) 和無規卷曲( XR) 三者貢獻值的加和,即:
XH + Xβ + XR = 1 (2)
通過計算機算出不同波長的θ(λ) ,得出計算曲線。假設一些不同的Xβ 值,分別求出它們相應的計算曲
線,找出與實驗曲線最接近的曲線,于是把相應于該最接近曲線的Xβ 及XR 認為是該蛋白質的相應結
構含量。這種方法簡單便捷,仍然應用于蛋白質或多肽的二級結構變化的粗略比較中。但是,由于參考
蛋白體系過于簡單,難免丟失其它二級結構的信息,不能較全面地反映二級結構信息。Chen 等[19 ,20 ] 在
這基礎上增加了參考蛋白,并假設各個波長的[θ]值是由三種構象[θ]值的代數和,即:
[θ]λ, i = XH [θ]H,λ, j + Xβ[θ]β,λ, j + XR [θ]R ,λ, j (3)
利用已知參考蛋白(肌紅蛋白、溶菌酶、乳酸脫氫酶、木瓜酶及核糖核酸酶) 的二級結構(已知XH 、Xβ 及
XR) ,用最小二乘法曲線計算擬合待測蛋白質的二級結構。Chen 等的方法對α2螺旋的數值比較可靠,
而β2折疊的結果不準確。隨著園二色技術的發展,更多的蛋白質或多肽被作為測定未知蛋白質或多肽
的參考蛋白,并且在計算算法上也有了進一步的改進。現代的蛋白質CD 擬合二級結構的算法主要是,
采用最小二乘法、單值分解及神經網絡方法等算法,以待測蛋白質代替參考蛋白體系中結構相似的某一
蛋白質,反復計算取代后的收斂性,從而計算擬合出未知待測蛋白質的二級結構組成。