xxx個內含肽是在1988年通過粗糙脈孢菌和胡蘿卜液泡ATP酶（不含內含肽）與酵母中的同源基因（含內含肽）之間的序列比較而發現的，該基因最初被描述為推定的鈣離子轉運蛋白。1990年Hirata等人。證明酵母基因中的額外序列被轉錄成mRNA并僅在翻譯后從宿主蛋白質中去除。從那時起，在生命的所有三個領域（真核生物、細菌和古細菌）和病毒中都發現了內含肽。
蛋白質剪接是出乎意料的，1990年兩個小組（Anraku和Stevens）發現了其機制。他們都在液泡H+-ATPase酶的前體中發現了釀酒酵母VMA1。N-和C-末端的氨基酸序列對應于來自其他生物的液泡H+-ATPase的70%DNA序列，而中央位置的氨基酸序列對應于總DNA序列的30%在酵母HO核酸酶。
許多基因在不同位置插入了不相關的內含肽編碼片段。由于這些和其他原因，內含肽（或更恰當地說，編碼內含肽的基因片段）有時被稱為自私的遺傳元件，但稱它們為寄生的可能更準確。根據以基因為中心的進化觀點，大多數基因只是在與其他基因或等位基因競爭方面是“自私的”，但通常它們為生物體發揮作用，而“寄生遺傳元件”，至少在最初，不會產生對機體的適應性做出積極貢獻。
在所有已知內含肽()的數據庫中，113種已知內含肽存在于真核生物中，最小長度為138個氨基酸，xxx長度為844個氨基酸。發現xxx個內含肽編碼在釀酒酵母的VMA基因中。后來在真菌（子囊菌、擔子菌、接合菌和壺菌）和多種蛋白質中也發現了它們。一種與已知含有內含肽的蛋白質遠親但與后生動物刺猬蛋白密切相關的蛋白質已被描述為具有來自球藻門的內含肽序列。許多新描述的內含肽含有歸巢核酸內切酶，其中一些顯然是有活性的。真菌中內含肽的豐度表明橫向轉移含內含肽的基因。在真細菌和古細菌中，目前已知的內含肽有289種和182種。毫不奇怪，真細菌和古細菌中的大多數內含肽被發現插入核酸代謝蛋白中，如真菌。