蛋白質動力學的研究最直接地涉及這些狀態之間的轉換,但也可能涉及狀態本身的性質和平衡種群。可以分別在“能源格局”范式中從概念上綜合考慮這兩種觀點(分別是動力學和熱力學):人口稠密的狀態,它們之間的躍遷動力學可以通過能量井的深度和能量壘的高度來描述。