蛋白質復合物的分子結構可以通過實驗技術確定，例如X射線晶體學，單顆粒分析或核磁共振。蛋白質-蛋白質對接的理論選擇也越來越多。是通常用于識別一個meomplexes方法是免疫沉淀。最近，Raicu及其同事開發了一種確定活細胞中蛋白質復合物的四級結構的方法。該方法基于確定像素級F?rster共振能量轉移（FRET）效率與光譜分辨雙光子顯微鏡結合使用。針對不同的模型對FRET效率的分布進行了仿真，以得出配合物的幾何形狀和化學計量。
