HPLC-MS
聯用的兩個重要因素是電噴射接口的最佳流速及三氟乙酸對肽電離的影響
基本電噴霧接口的信號在5~10μL/min的流速區間上迅速下降（圖28）。
這與采用標準分析型HPLC柱的流速不相容。
目前，商用電噴霧提供一種高剪切流氮氣輔助的電噴霧（氣流輔助電噴霧），它將電噴霧的最佳流速區間提升到了200~500μL/min。
這仍然低于標準分析柱通常所用的最佳流速，因此，目前科學家在使用HPLC-MS時，普遍采用流速為200~300μL/min的細孔柱（內徑~2 mm）
圖28. 紅線表示基本電噴霧接口流速與信號響應的關系。藍線同樣表示氣流輔助電噴霧的信號響應。
如圖29所示，流動相中的TFA流入電噴霧接口導致蛋白質和多肽的信號減弱。
這是由于TFA和多肽間強烈的相互作用將多肽中和。
圖29. 使用電噴霧接口時，TFA的流入會大幅減弱多肽的信號。
有兩種方法可糾正由TFA引起的信號減弱：
忽略信號損失。通常，當信號足夠強大時，即使信號減弱也仍能獲得有用的數據。在這種情況下可以忽略信號損失。
當信號損失過多時，最佳的解決方案是將高純度硅膠柱與低濃度TFA結合使用。
高純度硅膠柱與低濃度TFA一同使用仍能維持較好的峰形（圖30）。
采用高純度硅膠柱能得到良好的信號響應和峰形。
其它方案包括用甲酸代替TFA或柱后采用乙酸或丙酸代替TFA。
但采用甲酸得到的峰形不如TFA，分離度也不如TFA，因此會影響性能。
這在蛋白質組學應用中可以接受，但在蛋白質治療藥物中不可行。
柱后替換TFA較為棘手，且會導致分辨率下降。
圖30. 高純度硅膠與低濃度TFA一同使用，保持肽的峰形。
色譜柱：ACE 5 C18, 4.6 x 250 mm（高純度硅膠）
洗脫液：加入如圖所示的TFA，以10%-55%的乙腈（ACN）梯度洗脫，洗脫時間為37.5分鐘。