蛋白質序列分析和結構預測實驗

實驗步驟

1.  人脂聯素蛋白質序列的檢索

（1）調用Internet瀏覽器并在其地址欄輸入Entrez網址（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez）；

（2）在Search后的選擇欄中選擇protein；

（3）在輸入欄輸入homo sapiens adiponectin；

（4）點擊go后顯示序列接受號及序列名稱；

（5）點擊序列接受號NP_004788 （adiponectin precursor； adipose most abundant gene transcript 1 [Homo sapiens]）后顯示序列詳細信息；

（6）將序列轉為FASTA格式保存（參考上述步驟使用SRS信息查詢系統檢索人脂聯素蛋白質序列）；

2.  使用BioEdit軟件對人脂聯素蛋白質序列進行分子質量、氨基酸組成和疏水性等基本性質分析

打開BioEdit軟件→將人脂聯素蛋白質序列的FASTA格式序列輸入分析框→點擊左側序列說明框中的序列說明→點擊sequence欄→選擇protein→點擊Amino Acid Composition→查看該蛋白質分子質量和氨基酸組成。

或者選擇protein后，點擊Kyte & Doolittle Mean Hydrophobicity Profile→查看該蛋白質分子疏水性水平。

3.  人脂聯素蛋白質序列的蛋白質同源性分析

（1）進入NCBI/Blast網頁；

（2）選擇Protein-protein BLAST (blastp) ；

（3）將FASTA格式序列貼入輸入欄；

（4）點擊BLAST；

（5）查看與之同源的蛋白質。

4.  人脂聯素蛋白質序列的motif結構分析

（1）expasy-tools(http://cn.expasy.org/tools/)中的鏈接進入，或直接輸入網址（http://myhits.isb-sib.ch/cgi-bin/motif_scan）進入網頁；

（2）將人脂聯素蛋白質序列的FASTA格式序列貼入輸入欄；

（3）點擊Scan；

（4）查看分析結果（注意Prosite Profile中的motif information）。

5.  人脂聯素蛋白質序列的二級結構預測

（1）可由expasy-tools(http://cn.expasy.org/tools/)中的鏈接進入，或直接輸入網址（http://www.predictprotein.org/）進入；

（2）進入predictprotein頁面后，先register（注冊）；

（3）然后將人脂聯素蛋白質序列的FASTA格式序列貼入輸入欄，submission（提交）所要分析的蛋白序列；

（4）從email信箱查看分析結果。

PHD predictions結果

PROF predictions結果

6.  人脂聯素蛋白質序列的三維結構預測

（1）進入http//www.expasy.org/swissmod/SWISS-MODEL.html （SwissModel First Approach Mode）網頁；

（2）選擇Automated mode （自動模式）；

（3）進入Automated mode 界面后輸入E-Mail地址和序列名稱，將將人脂聯素蛋白質序列的FASTA格式序列貼入輸入欄，點擊“submit modeling request”后，等待結果。

（4）從email信箱查看分析結果。

注意事項

1.  需下載軟件入rasmol查看三維圖象。

2.  有時結果比較快，會馬上有結果發到E-Mail，通過E-Mail鏈接即顯示結果頁面。但有時候比較慢。

其他

一、作業

1.  提交使用上述軟件對人脂聯素蛋白質序列進行基本性質分析、同源性分析、motif結構分析以及二級結構和三維結構預測的結果。

2.  相互對比結果，說明產生不同結果的原因，總結進行上述分析所需注意的關鍵事項。