蛋白質序列分析和結構預測

【實驗目的】

　　1、掌握蛋白質序列檢索的操作方法；

　　2、熟悉蛋白質基本性質分析；

　　3、熟悉基于序列同源性分析的蛋白質功能預測，了解基于motif、結構位點、結構功能域數據庫的蛋白質功能預測；

　　4、了解蛋白質結構預測。

【實驗內容】

　　1、使用Entrez或SRS信息查詢系統檢索人脂聯素（adiponectin）蛋白質序列；

　　2、使用BioEdit軟件對上述蛋白質序列進行分子質量、氨基酸組成、和疏水性等基本性質分析；

　　3、對人脂聯素蛋白質序列進行基于NCBI/Blast軟件的蛋白質同源性分析；

　　4、對人脂聯素蛋白質序列進行motif結構分析；

　　5、對人脂聯素蛋白質序列進行二級結構和三維結構預測。

【實驗方法】

1、人脂聯素蛋白質序列的檢索：
　　（1）調用Internet瀏覽器并在其地址欄輸入Entrez；

　　（2）在Search后的選擇欄中選擇protein；

　　（3）在輸入欄輸入homo sapiens adiponectin；

　　（4）點擊go后顯示序列接受號及序列名稱；

　　（5）點擊序列接受號NP_004788 （adiponectin precursor； adipose most abundant gene transcript 1 [Homo sapiens]）后顯示序列詳細信息；

　　（6）將序列轉為FASTA格式保存（參考上述步驟使用SRS信息查詢系統檢索人脂聯素蛋白質序列）；

2、使用BioEdit軟件對人脂聯素蛋白質序列進行分子質量、氨基酸組成和疏水性等基本性質分析：
　　打開BioEdit軟件→將人脂聯素蛋白質序列的FASTA格式序列輸入分析框→點擊左側序列說明框中的序列說明→點擊sequence欄→選擇protein→點擊Amino  Acid Composition→查看該蛋白質分子質量和氨基酸組成； 或者選擇protein后，點擊Kyte & Doolittle Mean Hydrophobicity Profile→查看該蛋白質分子疏水性水平；

3、人脂聯素蛋白質序列的蛋白質同源性分析：
　　（1）進入NCBI/Blast網頁；

　　（2）選擇Protein-protein BLAST （blastp）；

　　（3）將FASTA格式序列貼入輸入欄；

　　（4）點擊BLAST；

　　（5）查看與之同源的蛋白質；

4、人脂聯素蛋白質序列的motif結構分析：
　　（1）進入網頁；

　　（2）將人脂聯素蛋白質序列的FASTA格式序列貼入輸入欄；

　　（3）點擊Scan；

　　（4）查看分析結果（注意Prosite Profile中的motif information）；

5、人脂聯素蛋白質序列的二級結構預測：
　　（1）進入下列蛋白結構預測服務器網址：（The  PredictProtein Server）；

　　（2）在You can欄點擊default；

　　（3）填寫email地址和序列名稱；

　　（4）將人脂聯素蛋白質序列的FASTA格式序列貼入輸入欄點擊Submit；

　　（5）從email信箱查看分析結果；

6、人脂聯素蛋白質序列的三維結構預測：
　　（1）進入（SwissModel First Approach Mode）網頁；

　　（2）填寫email地址、姓名和序列名稱；

　　（3）將人脂聯素蛋白質序列的FASTA格式序列貼入輸入欄；

　　（4）點擊Send Request；

　　（5）從email信箱查看分析結果（注：需下載軟件入rasmol查看三維圖象）。

【作業】

　　1、提交使用上述軟件對人脂聯素蛋白質序列進行基本性質分析、同源性分析、motif結構分析以及二級結構和三維結構預測的結果；

　　2、相互對比結果，說明產生不同結果的原因，總結進行上述分析所需注意的關鍵事項。