PH 值：
與沉淀蛋白質或酶原理相同，結晶的溶液PH 值一般選擇在被結晶的蛋白質或酶的等電點附近，以利于晶體的析出。
溫度：
除少數情況外，通常選擇低溫條件進行。低溫條件對蛋白質和酶不僅溶解度低且不易變性。在中性鹽溶液中結晶時，溫度可在0℃至室溫范圍內選擇，在有機溶劑中結晶一般要求溫度較低。
晶種：
不易結晶蛋白質和酶如糜蛋白酶，往往加入微量的糜蛋白酶結晶可導致大量結晶的形成。有時用玻璃輕輕摩擦容器壁也可達到此目的。需加晶種才能形成結晶的蛋白質或酶，大多數結晶收率都不高。
金屬離子：
有些蛋白質和酶結晶時還需加入金屬離子，如鐵蛋白在硫酸銨溶液中結晶時，加入少量鎘離子才形成菱狀結晶，烯醇化酶也常加入汞鹽后形成結晶。
結晶時間：
在結晶條件比較適合的情況下，在幾小時甚至幾分名即可獲得結晶。但有些情況需數天甚至數月才能結晶完全，視各種蛋白質和酶的具體情況不同而定。蛋白質和酶的結晶大多數是針狀、棒狀、片狀，有的為八面體或立方體的菱狀結晶。結晶的大小與結晶時間及條件有關。
干燥：
干燥是將潮濕的固體、半固體或濃縮液中的水分（或溶劑）蒸發除去的過程。根據水分在固體中分布情況可分為表面水分、毛細管水分和被膜所包圍的水分3
種。表面水分附著于固體表面，蒸發時完全暴露于外界空氣中，干燥最快、最均勻。毛細管水分存在于固體極細孔隙的毛細管中，水分子逸出比較困難，蒸發時慢并需較高溫度。膜包圍的水分如細胞中被細胞質膜所包圍的水分，需經緩慢擴散至膜外才能蒸發最難除去。被干燥的物質其濕度與周
圍空氣的濕度是一個動態平衡關系，暴露于大氣中的物質是不會絕對干燥的。若使被干燥的物質所含水分低于周圍空氣中水分，則必須放在嚴密封蓋的容器中進行干燥。用這種方法可得到含水量極低的干燥樣品，生物大分子制備得到所需的產品后，為了防止變質易于保存和運輸，常需要干燥處理，最常用的方法是冷凍干燥和真空干燥，某些無活性核酸、微生物酶制劑和酪蛋白等工業產品則較多地應用噴霧干燥、氣流干燥等直接干燥法。
真空干燥
在相同溫度下，被干燥物質所含水分或溶劑由于周圍空氣壓力的降低蒸發速度增加。真空度愈高，溶劑沸點愈低，蒸發愈快。其原理與真空濃縮（或稱減壓濃縮）相同。真空干燥適用于不耐高溫、易氧化物質的干燥和保存，整個裝置包括干燥器、冷凝器、及真空泵3部分。干燥器頂部連接一帶活塞的管道接通冷凝器，氣化后的蒸氣由此管道通過冷凝管凝聚，冷凝器另一端連接真空泵，干燥器內常放一些干燥劑如五氧化二磷、無水氯化鈣等，以便干燥保存樣品。
冷凍真空干燥
冷凍真空干燥除利用真空干燥原理外，同時增加了溫度因素。在相同的壓力下，水蒸氣壓隨溫度的下降而下降。在低溫下低壓下冰很容易升華為氣體。操作時通常將等干燥的液體冷凍到冰點以下使之變成固體，然后在低溫低壓下將溶劑變成氣體而除去。干燥后的產品具有疏松、溶解度好、保持天然結構等優點，適用于各類生物大分子的干燥保存。樣品干燥時先在培養皿內鋪成薄層（厚度不超過1cm
的液體），置于低溫冰箱內凍固。另在真空干燥器內用兩個培養皿分別放置固體氫氧化鈉和五氧化二磷，真空干燥上端抽氣通過五氧化二磷干燥管與真空泵相連。當放進等待干燥的凍塊后，立即封閉干燥器，開動真空泵，紅5～10h后得冷凍干燥品。也可將待干燥物質置于圓底容器中，然后浸入干冰-乙醇混合而成的冷卻劑中，容器內液體迅速凍成固體，抽真空后等干燥凍塊的水分子升華變成氣體，經過冷凝器凝結為霜。冰凍的樣品逐漸失去水分變成疏松的干燥粉末。上述操作關鍵在于真空泵的高真空度及管道的口徑要合適。
噴霧干燥
噴霧干燥是將液體通過噴灑裝置噴成霧滴后，與干燥介質（通常為熱空氣）直接接觸干燥的方法。由于液體分散為霧滴時，直徑通常只有1～200μm
大小，與熱空氣接觸面大，水分蒸發很快。在100℃的熱空氣中只需不到1
秒的時間即可干燥。因干燥時間短和水分蒸發時吸收熱量，使液滴及其附近的空氣溫度較低，故工業上常用。
樣品貯藏保存：
保存方法和生物大分子穩定性有很大關系，生物大分子的貯藏保存可分為干態和液態貯藏兩種。但不論是干態或液態貯藏均應避免長期暴露于空氣中防止微生物的污染。溫度對生物大分子的穩定性影響很大，低溫保存在大多數情況下是有利的。
干態貯藏：
干燥的制品一般比較穩定，如制品含水量很低，要低溫情況下物質大分子活性可在數月甚至數年無顯著變化。貯藏方法也很簡單，只將干燥后的樣品置于干燥容器內（內裝有干燥劑）密封，保存于0～4℃冰箱中即可。有時為了取樣方便和避免取樣時樣品吸水和污染，可先將樣品分裝于許多小瓶中，每次用時只取出1
瓶。
液態貯藏
液態貯藏的優點是使樣品免去干燥這一步驟，生物大分子的生理活性和結構破壞較少；缺點是需要較嚴格的防腐措施，貯藏時間不能太長，如樣品量大時封裝運輸不方便，實驗室常采取少量安瓿封存法。液態貯藏注意事項如下：
樣品不能太稀，必須濃縮至一定濃度后才能封裝貯藏，樣品太稀時易引起生物大分子變性作用。
一般需加入防腐劑和穩定劑，常用防腐劑有甲苯、苯甲酸、氯仿、百里酚等。蛋白質和酶常用的穩定劑有硫酸銨糊、蔗糖、甘油等，酶也可加入底物和輔酶以提高其穩定性。此外鈣、鋅、硼酸等鹽溶液對某些酶也有一定保護作用。核酸大分子一般保存在氯化鈉或檸檬酸與氯化鈉的標準緩沖液中。
貯藏溫度要求較低，大多數在0℃左右冰箱保存即可，有的則要求更低溫度，但注意某些具有活性的大分子如DNA 溶液低溫保存時，不宜使溶液結冰以免其分子結構被破壞。另有文獻報道某些蛋白質和酶在低溫中反而引起變性。故應分加情況對待，不能一概而論。
總之，生物大分子的貯藏和保存，溫度和水分是影響穩定性的兩個主要因素。其次，各種穩定劑的應用是否適當關系也很大。實際應用時應全面加以考慮。
蛋白質純度
蛋白質提純以后需要有指標來說明它的純度，從原則上看有許多制備純化蛋白質的方法是可以將它們改成分析方法的，如各種分析的電泳、微量凝膠過濾法、各種層析、結晶出現、生物活力及免疫分析等。用一種方法一個條件來分析蛋白質的純度是不夠的。由于蛋白質數量多，性質相似者在所難免，一個條件下兩個蛋白質不能分開的可能性是很大的，一般均希望用兩種以上的方法來分析蛋白質的純度。只有一種檢定方法時應該用兩種以上條件來鑒定。對蛋白質純度的要求因工作需要而異，生物制品考慮制品體內的副作用，物理化學研究要求不干擾對象的物化性質，化學結構分析要示雜質含量低于分析方法的靈敏度等等均要作具體分析。
確定蛋白質（或多肽）樣品的純度標準大致如下。即分子大小是否均一，電荷 是否均一，是否具有恒定的氨基酸組成，是否具有單一的N 末端和C
末端殘基，進一步純化時生物活性是否再有提高及能否結晶等，從N 末端測順序一般在4 步以上。如果都是單一的氨基酸殘基，則含雜質可能為十六萬分之一。
上述幾條是較嚴格的要求，很難全都達到。通常以電泳時呈現一條帶以及末端殘基鑒定是單一的即可進行順序測定。
隨著分析技術水平的不斷提高，經常還將一種曾認為是純的蛋白質分離成幾個組分，即出現微不均一性（Microheterogeneity）的現象。這種不均一性可分為兩類情況。一類是在蛋白質肽鏈合成后在加工中產生的，如糖蛋白由于含糖量不同，它們的電泳行為常表現很大差異，又如賴氨酸的甲基化，絲氨酸的磷酰化以及磺酰化等，也會產生電泳行為的不均一性；還有一些則是在分離純化過程中人為產生的，如脫酰氨等，這種不均一性對蛋白質順序分析不會帶來太大的困難。另一類不均一性是由于基因家族產生的，它們之間的不同表現為個別氨基酸的替換、N
端或C 端肽段的缺失等，這種不均一性會給蛋白質分析帶來很大困難。
但蛋白質分子的一部分分子的一個側鏈酰基變成了羧基，糖蛋白的配基相差一個單糖，這種情況下蛋白質化學結構仍是單元一蛋白質，生物功能也無任何影響。此外還有同功蛋白質（Isoprotein），它的功能相同但化學結構不同，從功能上看純了從結構上看不純。因此，純度屬相對的概念，具體情況要多做具體分析，切不可簡單化。