不同mRNA序列的分子大小和堿基排列順序各不相同,但都具有5ˊ-端非翻譯區、開放閱讀框架區、和3ˊ-端非翻譯區;
真核生物的mRNA的5ˊ-端還有帽子結構、3ˊ-端有長度不一的多聚腺苷酸(polyA)尾。
帽子結構能與帽子結合,在翻譯時參與mRNA在核糖體上的定位結合,啟動蛋白質生物的合成;
帽子結構和polyA尾的作用還有穩定RNA;
開放閱讀框架區與編碼蛋白質的基因序列相對應。