1953年，瑞典化學家Edman采用異硫氰酸苯酯法測定蛋白質的N端序列，為氨基酸自動測序奠定了基礎。
1967年，Edman和Begg根據異硫氰酸苯酯法測定原理設計了第一臺蛋白質自動測序儀（旋轉杯蛋白質測序儀），為蛋白質自動測序以及蛋白質自動測序儀的商品化生產提供了理論支持和樣機。
1971年，美國波士頓大學 Laursen博士首先設計出固相蛋白質測序儀。
1981年，R.M. Hewick等人研制了氣相蛋白質測序儀（氣液固相測序儀）。
1986年，美因應用生物系統公司(AB1)出了脈沖式液相蛋白質測序儀。
20世紀80年代發展起來的質譜技術與蛋白質測序儀聯用已經成為對小量肽和蛋白質進行測序的有效工具。