流動相的選擇采用與檢測器相匹配且黏度小的“HPLC”級溶劑，經過蒸餾和0.45μm的過濾去除纖維毛和未溶解的機械顆粒等，經過0.2μm的過濾可除去有紫外吸收的雜質對試樣有適宜的溶解度。避免使用會引起柱效損失或保留特性變化的溶劑[1]。
水的等級需用純化水，因為不純物的存在會增加去離子的吸光率，而純化水中卻去除了無機及有機污染物。裝水的溶劑瓶要經常更換，連續幾天不使用儀器時，要將管路用甲醇清洗[1]。
脫氣除去流動相中溶解或因混合而產生的氣泡稱為脫氣。因為氣泡會對測定結果產生一定的影響：泵中氣泡使液流波動，改變保留時間和峰面積；柱中氣泡使流動相繞流而使峰變形；檢測器中出現氣泡則使基線產生波動。因此，脫氣可防止由氣泡產生而引起的故障；可防止由溶解氣體量的變動引起的檢測不穩定度[1]。
分析柱在使用新柱或長時間未用的分析柱之前，最好用強溶劑在低流量下（0.2~3ml/min）沖洗30分鐘；定期使用強溶劑沖洗柱子；使用緩沖鹽后，先用水沖洗4小時左右，再換有機溶劑（如甲醇）沖洗色譜柱和管路；凈化樣品；分離條件合適；不使用時蓋上蓋子，避免固定相干枯；使用預柱；避免流動相組成及極性的劇烈變化；避免壓力脈沖的劇烈變化[1]。
燈管氘燈不能夠頻繁開啟，否則容易損壞。