可以用免疫學方法測定各種生物的蛋白質的親緣關系，例如用人的清蛋白注射家兔，從家兔取得抗血清，把抗血清分別和人、大猩猩、黑猩猩等的清蛋白進行沉淀反應測定，可以看到愈是親緣關系相近的清蛋白沉淀反應愈強。
同工酶的電泳測定是70年代發展起來的可以用來比較生物蛋白質的親緣關系的方法。同工酶是功能相同而一級結構不相同的酶。一種蛋白質中任何一個氨基酸的替代，只要它帶來用電泳方法可以區分的電荷差別就可被檢出，但如果沒有帶來電荷差別便不能檢出。由于這一方法簡便、快速，所以在分子進化的研究中常被采用。例如曾用電泳方法對包括魏氏果蠅 (Drosophila wil-listoni）在內的9種果蠅14個亞種的 36種酶的同工酶進行分析，根據分析的結果可以繪制出它們的系譜圖。