蛋白酶 | 分類 | 作用位點 | 已知抑制物 |
| 氨基肽酶 | 金屬蛋白酶 | 帶有自由氨基的L-氨基酸氨基末端；不能分解由X-Pro、·D或·Q組成的肽鍵 | 2，2，雙吡啶，1．1()-菲咯啉 |
| 菠蘿蛋白酶 | 巰基蛋白酶 | 無特異性 | α2巨球蛋白，TPCK，TLCK，烷化 |
| 羧肽酶A | 鋅金屬蛋白酶 | 帶有自由氨基酸的L—氨基酸羧基端；不能分解R、P或羥脯氨酸 | EDTA，EGTA |
| 羧肽酶B | 鋅金屬蛋白酶 | K，R羧基端 | EDTA，EGTA，堿性氨基酸 |
| 羧肽酶Y | 絲氨酸羧肽酶 | 氨基酸羧基端 | PMSF |
| 組織蛋白酶C | 琉基蛋白酶 | 氨基端雙肽，可通過K，R或P氨基端作為第二或第三個氨基酸封閉 | 醋酸碘， 甲醛 |
| 胰凝乳蛋白酶 | 絲氨酸蛋白酶 | 在F，T或Y之后 | 抑肽酶，PMSF，TPCK，α—巨球蛋白 |
| 膠原酶 | 金屬蛋白酶 | 在P-X-G-P肽鏈中X之后 | EDTA，EGTA，還原劑，但無血清存在 |
| dispase | 金屬蛋白酶 | 無特異性 | EDTA，EGTA，Hg2+，重金屬 |
| 內肽酶Arg-C | 絲氨酸蛋白酶 | 在R之后 | α巨球蛋白，TLCK |
| 內肽酶Asp-N | 金屬蛋白酶 | 在D和半胱氨酸之前 | EDTA，α菲咯啉 |
| 內肽酶Glu-C | 絲氨酸蛋白酶 | 在E或D之后 | α巨球蛋白，TLCK |
| 內肽酶Lys-C | 絲氨酸蛋白酶 | 在K之后 | TLCK，抑肽酶，抑蛋白酶醛肽 |
| 腸激酶 | 絲氨酸蛋白酶 | 在D-D-D-D-K-肽鏈中K之后 | |
| Xa因子 | 絲氨酸蛋白酶 | 在R之后 | PMSF，APMSF，大豆胰蛋白酶抑制物 |
| 無花果蛋白酶 | 琉基蛋白酶 | 無特異性 | TPCK，TLCK，α-巨球蛋白 |
| 激肽釋放酶 | 絲氨酸蛋白酶 | 在一些R之后 | 抑肽酶，抑蛋白酶醛肽 |
| 木瓜蛋白酶 | 巰基蛋白酶 | 長期孵育時具有廣泛特異性 | TPCK，TLCK，抑蛋白酶醛肽α—巨球蛋白，烷化劑 |
| 胃蛋白酶 | 酸蛋白酶 | 廣泛特異性 | 胃蛋白酶抑制素 |
| 纖溶酶 | 絲氨酸蛋白酶 | 在K或R之后 | PMSF，TLCK，抑肽酶，α—巨球蛋白 |
| 鏈霉蛋白酶 | 混合型 | 無特異性 | B．M．完整藥片 |
| 蛋白酶K | 絲氨酸蛋白酶 | 廣泛特異性 | PMSF，PefablocSc |
| 枯草桿菌蛋白酶 | 絲氨酸蛋白酶 | 無特異性 | PMSF，α巨球蛋白，苯甲脒 |
| 熱溶素 | 鋅金屬蛋白酶 | 在非極性殘基之前 | EDTA |
| 凝血酶 | 絲氨酸蛋白酶 | 在K之后 | TLCK，PMSF，抑蛋白酶醛肽 抑肽酶，α巨球蛋白，苯甲脒 |
| 胰蛋白酶 | 絲氨酸蛋白酶 | 在K或R之后 | TLCK，PMSF，抑蛋白酶醛肽 抑肽酶，α巨球蛋白 |