蛋白質是生命功能的體現者，而蛋白酶體直接影響某些蛋白質的更新，其中包括錯誤折疊蛋白和許多在生命活動中起重要作用的蛋白質，如p53、cyclin 等，顯然這些蛋白質數量的調節會直接影響相關的生物學功能。
蛋白酶體的功能涉及細胞周期控制、細胞凋亡、應激反應、DNA修復、基因轉錄、抗原提呈、信號轉導、癌癥、炎癥、神經退行性疾病的發生等。
