蛋白酶按水解底物的部位可分為內肽酶以及外肽酶，前者水解蛋白質中間部分的肽鍵，后者則自蛋白質的氨基或羧基末端逐步降解氨基酸殘基。蛋白酶是水解蛋白質肽鏈的一類酶的總稱。按其水解多肽的方式，可以將其分為內肽酶和外肽酶兩類。內肽酶將蛋白質分子內部切斷，形成分子量較小的?和胨。外肽酶從蛋白質分子的游離氨基（氨苦肽酶）或羧基的末端逐個將肽鍵水解（羧苦肽酶），而游離出氨基酸。催化蛋白質水解的酶類種類很多，如胃蛋白酶、胰蛋白酶、組織蛋白酶、木瓜蛋白酶和枯草桿菌蛋白酶等。
