蜂房中很難發現細菌，這要歸功于蜂膠所具有的的廣譜抗菌作用且其抗菌機制復雜多樣，而蜂膠中主要是黃酮類化合物發揮抗菌作用，高良姜素、松屬素被認為抑菌作用最強。黃酮化合物的抑菌機制主要有抑制胞漿膜功能、抑制核酸合成和抑制能量代謝三種。GUAN X X發現蜂房提取分離出的黃酮類化合物槲皮素和山奈酚可以抑制變形鏈球菌、遠緣鏈球菌、血鏈球菌、粘性放線菌、奈氏放線菌和鼠李糖乳桿菌的生長，并顯著抑制變形鏈球菌細胞的致酸性和酸度；
XIAO J等研究顯示蜂房提取物可能通過抑制葡聚糖的合成、破壞產酸、抑制和降解生物膜中微生物間基質積累這三條途徑影響變形鏈球菌生物膜活性和結構從而發揮抑菌作用，這提示蜂房有機會成為一種有潛力的齲齒防治藥物。莊愛文等研究發現蜂房醇提物對銅綠假單胞菌有很好的抗菌效果，且可以逆轉銅綠假單胞菌耐藥性，其機理或許是阻礙細菌耐藥基因的轉錄，使得耐藥酶不能表達而失卻耐藥性。JOANNA等通過對慢性傷口感染患者分離出的奇異變形桿菌的臨床試驗，發現蜂膠乙醇提取物對細菌生物被膜形成有抑制作用從而殺菌。