在基因操作中，對一些分子數小的多肽基因常采用融合的方法與某一基因（如lac）相連，二者之間接上某一酶（如凝血酶）的切口，以增加在體內表達后產物的穩定性，也有的故意使兩個分子串連融合以提高療效，如IL-3與GM-CSF。也有與分泌性蛋白的信號肽基因組成融合基因，以使表達產物分泌到膜外或胞外。
融合蛋白技術是為獲得大量標準融合蛋白而進行的有目的性的基因融合和蛋白表達方法，利用融合蛋白技術，可構建和表達具有多種功能的新型目的蛋白。
