MRI的引入已經成為神經科學研究領域一個不可缺少的研究工具, 但是它也存在一些缺陷, 比如它的精確性還沒有被完全闡明, 尤其是它的空間特異性, 因為大的靜脈能產生BOLD響應, 而這些靜脈遠離神經活動的部位。研究表明,fMRI受大血管作用的控制, 這些大血管在血管圖像中能夠很容易地看出來。大血管的作用和流入效應有關, 而這兩種作用都不是我們所想要的。因為大血管離神經元活動的部位有一定的距離(約 1 cm) ；另外, 它會產生偽跡波動, 妨礙與神經活動相關的信號變化的監測。在許多情況下, 這些偽跡波動與神經元活動引起的強度變化相當或更大, 神經元活動引起的強度變化也在百分之幾的范圍。由于無法監測小的變化, 將不能準確確定與神經元活動相關的血液動力的真正空間范圍和位置。除此之外, 被試的運動和生理噪聲也會造成 fMRI 數據波動。近年來 fMRI 新的進展主要為以下幾方面：①向高場移動: BOLD 響應與磁場強度是緊密相關的, 并且這種相關性是很復雜的。隨著磁場強度的增加, MR 圖像本身的信噪比會增加, 而且 fMRI 的敏感性也隨之增加。最重要的是, 隨著信噪比的增加, 不僅能檢測到更加強的信號的變化, 而且 fMRI的可靠性和重復性也增強； ②fMRI 信號的早期衰減: 血液動力學反應可能在空間上比實際的神經元活動部位大, 因此可能影響到fMRI的空間特異性。大多數的 fMRI 研究都是基于對延遲反應的測定,所以這些研究可能在空間特異性或空間分辨率上受到固有的限制。一個更加有效的選擇可能是測定初始去氧血紅蛋白濃度的增加, 表現為 fMRI 信號的降低；③事件相關fMRI: 傳統的fMRI研究采用的是區組設計, 該設計可以看作是一個穩態反應, 這種研究得到的圖像是對參與特定任務腦區的一個平均觀察。事件相關的 fMRI 通過增加一個維度—時間, 打開了探測神經元事件的通道； ④fMRI和電生理的結合:fMRI具有高的空間分辨率的特點, 但與電生理方法(EEG、MEG)比較,fMRI時間分辨率比較低。因此如果將fMRI和電生理方法結合起來,可獲得較高的空間分辨率和時間分辨率。