常見故障：
1、計數時本底錯誤。清洗時設定自動檢測空白值，如果檢測空白超出規定值，則會報警，就可以知道是出現了本底錯誤。要先檢查稀釋液或溶血劑是否有氣泡、是否被污染，如果有則更換試劑。此外，要檢查是否受到電磁波干擾，還要確保接地良好。此外，檢測室檢出器細孔如果污染，也會導致該故障，可啟動保養清洗程序進行清洗。如果都不是以上原因，可查看旋轉閥是否受到污染，并進行相應處理。
2、RBC/WBC/PLT計數錯誤。可先檢查是否因樣品凝集引起，如果則更換樣品。如果不是樣品原因，可檢查是是否受到噪音、電磁波的干擾，接地是否出現故障等。此外，RBC、WBC和HGB檢出室下面的絕緣室排空異常也會引發該故障，應進行排除。檢查檢出室或檢出器細孔是否被污染，檢出器細孔是否被損壞，細胞計數定量隔膜泵和檢出器之間的管道是否堵塞等。此外也要排除是電路板故障，對NO6363和NO2135進行檢查。
注意事項：
為了保證使用血細胞分析儀得出的結果能夠盡量反映病人的真實情況，使用時需注意：
1、血樣：由于靜脈血受外界因素影響較小，成份比較穩定，檢測結果準確度高重復性好，因此除嬰兒外，建議取血者均應采用靜脈血。如果采集未梢血時，注意不可局部過度擠壓，避免血液中混入大量的組織液，而且易激活凝血系統產生局部凝血，導致檢測結果的誤差；第一滴血由于細胞成分不穩定應棄掉，用第二滴血進行檢測。
2、抗凝：使用拘櫞酸鹽抗凝劑時間過長易結晶，細胞形態易發生變化，影響計數結果的準確性；草酸鹽易使血小板產生凝集，并可使白細胞形態發生變化，影響計數結果及分類；而肝素抗凝過量易引起白細胞凝集和血小板減少；EDTA-2Na較EDTA-2K的可溶性低，血小板凝集的可能性大。因此國際血液學標準委員會(ICSH)1993年發表的文件中建議使用EDTA-2K作為血細胞分析儀的抗凝劑，用量為1.5~2.2mg/ml血。
3、采血后用塞子密閉，室溫保存不超過6小時。
4、稀釋：稀釋器、吸樣管要經過校準。吸血后吸樣管外的血液要完全擦干凈。血液稀釋后要盡快測定，否則易引起“稀釋性溶血”。
5、混勻：檢測前混勻很重要，如果無旋轉式混勻器應顛倒混勻至少8次。
6、試劑：血細胞分析儀對試劑的要求非常嚴格，要求有嚴格的滲透壓標準、穩定的導電率、高標準的純凈度以及對儀器管道和閥路無腐蝕作用。因此溶血劑、稀釋液及清洗劑等最好選用原廠配套產品。
7、白細胞分類：首先必須明確，迄今為止，世界上無論多先進的血細胞分析儀，進行的白細胞分類都只是一種過篩手段，并不能完全取代人工鏡檢分類。要堅決糾正有些單位用了血細胞分析儀就丟掉鏡檢的錯誤思想。
8、質量控制：血液分析必須建立嚴格的質量控制制度，才能保證結果的可靠性。