⑴ 用于構建基因組的遺傳圖譜與物理圖譜;
⑵ 作為探針用于放射性雜交;
⑶ 用于定位克隆;
⑷ 借以尋找新的基因;
⑸ 作為分子標記;
⑹ 用于研究生物群體多態性;
⑺ 用于研究基因的功能;
⑻ 有助于藥物的開發、品種的改良;
⑼ 促進基因芯片的發展等方面。正是因為EST 表現出了這些巨大潛能,使其得到了充分的利用與發展。