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  • 實驗材料

    CM-5 葡聚糖芯片(BIAcore)配體蛋白靶蛋白

    試劑、試劑盒

    PBS胺-偶聯試劑盒(詳見「其他」)

    儀器、耗材

    BIAcore SPR 設備BIA 評估軟件(point-and-click)

    實驗步驟


    1. 插入一個新的 BIAcore CM-5 葡聚糖芯片。


    2. 用 PBS 作為工作液以持續流動系統平衡系統。


    3. 用實驗確定最佳緩沖條件和濃度使非特異性結合到羧酸酯化葡聚糖上的靶蛋白和配體蛋白最小化。

    對帶有高度帶負電荷的葡聚糖非特異吸收的配體可能變性,并且在溶液中可非特異性地結合靶蛋白。


    4. 插入一張新的芯片。


    5. 在 N-羥基琥珀酰亞胺(NHS)存在的情況下通過注入 1-(3-二甲氨基丙基)-3-乙基碳二亞胺(EDC)活化葡聚糖羧酸酯。


    6. 在低 pH 的乙酸鈉緩沖液中注入配體蛋白,使得葡聚糖上存在足夠的蛋白量。同做幾個平行實驗,在這些平行實驗中變化葡聚糖上配體蛋白的密度。

    改變接觸時間和蛋白質濃度,進行 7~14 步中的操作,然后檢測目的蛋白從每個配體密度上分離的速率(步驟 15)。分離的速率應該是個常數并且不受配體表面密度的濃度影響。配體密度應該優化,以獲得呈現產生清楚的結合反應的足夠的分子表面。并且充分稀釋以測量應該恒定的解離率常數。


    7. 乙醇胺處理封閉所有沒有反應活化的羧酸酯。


    8. 在步驟 3 中確定的緩沖液條件和濃度范圍內注入含有已知濃度的假設靶蛋白。

    改變流速和分析物濃度以最小化擴散或者「大量輸運」影響。結合速率常數對于某個特定反應必須是不變的。


    9. 用實驗方法確定再生條件,比如在什么條件下靶蛋白能夠完全從共價結合的配體上解離。


    10. 如果有必要的話,插入一張新的芯片。


    11. 在最適的緩沖液條件和配體密度下重復步驟 2、5、6、7 和 8 中的操作(即活化右旋糖苷羧酸酯,共價結合感興趣的蛋白質,封閉沒有反應的位點以及向溶液中引入一個假設的結合蛋白)。


    12. 使用步驟 9 確定的試劑再生。如要獲得數據,則重復步驟 8 和步驟 12,使用至少三種不同濃度的靶蛋白。


    13. 用 BIA 評估軟件 point-and-click,計算分離率和結合率常數。用三個靶蛋白濃度所得的結合率和分離率的平均值計算平衡常數。


    14. 顛倒實驗設置:在先前的分析物固定、配體在溶液中的情況下實驗,以證實動力學參數的相同性。

    展開 
    注意事項
    其他

    胺-偶聯試劑盒(BIAcore)包含:

    1-(3-二甲氨基丙基)-3-乙基碳二亞胺(EDC)

    N-羥基琥珀酰亞胺(NHS)

    乙酸鈉緩沖液,低 pH

    乙醇胺


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