西瓜鄰近著絲點的異染色質節段一般較大而清晰，定位于遠端的染色粒小染色輕、可以得出西瓜粗線期染色體異染色質節段和染色粒的分布模式是近中間類型的。這種分布類型與甜菜相似，而與番茄和苜蓿不同。西瓜染色體兩臂上定位于遠端的輕染小染色粒，于不同細胞間和不同制片間是變化的。這種變化可能是由于粗線期發育的不同階段螺旋化或不穩定程度的差別造成的。
西瓜粗線期發育過程中，常可觀察到染色體開裂現象。這種開裂可發生于末端、常染色質區、異染色質區等染包體的各個部位，也可觀察到染色粒互相結舍的現象。這與甜菜粗線期觀察到的情況相似。把西瓜粗線期染色體長度與有絲分裂中期相比較，收縮了12~20倍，反映西瓜的不等收縮是比較強的，說明西瓜更適合于進行粗線期分析。
西瓜有兩條染色體對在粗線期有核仁組織能力，一條是長染色體，一條是第6號較短染色體。西瓜粗線期全部染色體皆有明顯的端粒，非常有利于粗線期核型分析。粗線期深染色體末端為端粒，體細胞間期染色體規律地由著絲點或端粒附著于核膜。
西瓜粗線期階段常見配對的染色體出現分開的現象，不管是近中異染色質區或遠端常染色質區甚至到末端開裂均可看到。西瓜一般說于線期按染色粒互相接合次染位體全長，但是其開裂現象明顯高于甜菜。這種開裂或形成環狀的現象可能代表從晚機線期到早雙線期中染色體原位分裂 。