1、角層下膿皰性皮病與皰疹樣皮炎鑒別：
皰疹樣皮炎皮損呈多形性，分布于軀干和四肢近端，為排列成環狀的群集水皰，有劇烈瘙癢，無黏膜損害，組織病理提示水皰內大量嗜酸性粒細胞。
2、角層下膿皰性皮病與落葉型天皰瘡的鑒別：
落葉型天皰瘡好發于中老年男性，皮損初發于頭、面及胸背上部，多為紅斑上發生水皰，尼科利斯基征陽性。免疫病理顯示IgG、IgA、IgM或C3補體在棘層上方，甚至顆粒層細胞間隙內呈網狀沉積。
3、角層下膿皰性皮病與胰升糖素瘤綜合征的鑒別：
胰升糖素瘤綜合征皮損為表皮壞死，無真正的膿皰形成，唇和口腔黏膜糜爛，病理表現為真皮上方壞死，生化檢查胰升糖素水平升高。
4、角層下膿皰性皮病與急性發疹性膿皰病的鑒別：
急性發疹性膿皰病好發于四肢遠端，病理表現為白細胞碎裂性血管炎。
5、角層下膿皰性皮病與感染性膿皰病的鑒別：
感染性膿皰病病程短，膿皰細菌培養陽性，抗生素治療有效。