真菌
真菌是最早被發現的能夠產角蛋白酶的微生物。早在1899年，Ward就報道了Onygena equina（馬爪甲團囊菌）能分解角蛋白。許多皮膚真菌類的微生物都有產角蛋白酶的功能，包括須癬毛癬菌（Trichophyton mentagrophytes）、微孢長囊頭孢霉菌（Doratomyces microsporus）[12]、紅色毛癬菌（Trichophyton rubrum）、雞禽毛癬菌（Poultries Trichophyton）、石膏樣小孢子菌（Microsporum gypseum）、犬小孢子菌（Microsporum canis）和白念珠菌（Monilia albicans）、黃曲霉（Aspergillus flavus）、熱帶念珠菌（Oidium tropioale）、近平滑念珠菌（Candida parapsilosis）、克柔念珠菌（Candida krusei）等。皮膚真菌附著于皮膚后，首先會利用角蛋白酶將皮膚的角質降解，降解后產生了各種短肽和氨基酸，作為真菌生長的碳源和氮源。然后進一步侵入皮膚進行繁殖、感染，進而形成皮膚病。目前，一些有關致病真菌的研究已經日益展開，同時對角蛋白的降解機理和相關研究也起到了積極的作用。
除皮膚真菌外，還有一些其他真菌具有降解角蛋白的功能。Anbu等（2004）發現了一種產角蛋白酶的能力的短尾帚霉（Scopulariopsis brevicaulis），并對這種角蛋白酶進行分離純化。Singh等研究了21種產角蛋白酶的真菌，發現其中猴發癬菌（Trichophyton simii）降解羽毛角蛋白的能力最強。羅文等從土壤中分離出一株能降解羽毛粉角蛋白的霉菌,初步鑒定為串孢屬菌（Catenularia sp.）。Santos報道了分離到降解羽毛角蛋白的煙曲霉（Aspergillus fumigatus），它可以利用羽毛角蛋白作為唯一碳源和氮源生長。
放線菌
產角蛋白酶的放線菌以鏈霉菌為主要代表，如弗氏鏈霉菌（Streptomyces fradia）、黃白鏈霉菌（Streptomyces alboflavus）K1-02、鏈霉菌（Streptomyces）DSM 40530和嗜熱鏈霉菌（Streptomyces thermophilus）等。丁正民等（1993）從雞毛堆肥中分離純化到一放線菌菌株SS-1，該菌有很強的降解雞毛的能力[26]。涂國全等（1994）篩選出了角蛋白分解菌株S22-1，該菌能迅速分解羽毛、人發等多種角蛋白。根據該菌的培養特性、形態特征、生理生化特性的測定結果與已知的弗氏鏈霉菌形態特征、生理生化特性相似，但在培養特性和分解利用羽毛角蛋白的特性上有較大差異，因此被初步鑒定為弗氏鏈霉菌的一個變種。
細菌
目前已經篩選和分離到很多能降解角蛋白的細菌，主要為芽孢桿菌。Williamsh等（1989）由家禽羽毛發酵液中富集、分離到了羽毛分解菌，經鑒定為嗜熱型地衣芽孢桿菌（Bacillus licheniformis），這種菌在以羽毛作為其主要的碳氮源的培養基條件下生長最適宜，但不能降解未經高溫蒸煮的羽毛。其他芽孢桿菌包括嗜堿芽孢桿菌（Bacillus pseudofirmus）、枯草芽孢桿菌（Bacillus subtilis）、短小芽孢桿菌（Bacillus pumilus）等。另外具有角蛋白酶活性的細菌還有嗜熱厭氧菌、弧菌科細菌（Vibrionaceae）、海島閃光桿菌、金黃桿菌屬等。
細菌生長快、易于繁殖、產酶活性高，角蛋白酶最適溫度、pH值等性質特異，具有良好的應用潛力。