微生物中純化的角蛋白酶活性很強，可以水解多種難降解的纖維蛋白類，如膠原蛋白、彈性蛋白和角蛋白。因此角蛋白酶具有廣泛的應用前景。
1、 在農業上，微生物產生的角蛋白酶能使角蛋白降解為多肽和氨基酸，可以用于制造有機肥料，這種有機肥料不僅解決了國內能源緊缺的難題，還降解了污染源，大大改善了環境。在這方面，對于農業資源和畜牧業資源緊缺的中國來說，無疑是一個巨大的資源寶庫。
2、 在飼料產業中，羽毛等的主要成分是角蛋白，其粗蛋白成分在80%以上，動物必需氨基酸種類齊全，同時含有較多大量元素、微量元素和未知生長因子，是一種良好的、可替代或部分替代魚粉的飼料蛋白來源。我國平均每年產羽毛達數10萬噸，絕大部分未得到合理利用。因此，對廢棄羽毛的開發、利用具有重要的應用前景，它一方面解決了當前飼料工業中蛋白資源不足的問題，另一方面又可解決環境污染問題。
3、 角蛋白酶還可用于化妝品、工業生產及醫藥方面。在當今生物處理日益受到關注的形勢下，開發有發展潛力的角蛋白降解酶以實現角蛋白的高效生物降解已成為大勢所趨。角蛋白酶是皮膚真菌重要的侵襲因子，因此，能否利用角蛋白酶抑制劑或者角蛋白酶單克隆抗體抑制角蛋白酶的作用，削弱皮膚真菌的侵襲性，從而達到治療皮膚真菌感染的目的，是今后研究角蛋白酶與皮膚真菌感染相互關系的一個重要方向。角蛋白酶具有高效的角蛋白水解活性，利用角蛋白酶改善藥物在角蛋白中的通透性，可提高皮膚外用藥物的療效。特別是在銀屑病、角化過度性皮膚病( 神經性皮炎、慢性濕疹等) 的治療應用方面非常值得研究。
角蛋白酶也可應用于美容護膚品，幫助活性因子透過皮膚屏障，去除皮膚多余角質，實現皮膚的深層護理。角蛋白酶能水解毛發角蛋白，利用角蛋白酶進行脫毛，治療多毛癥也可能具有良好的應用前景。
角蛋白的微生物降解與利用的重大意義，越來越引起了人們的廣泛興趣。然而目前，人們對角蛋白酶的認識還較膚淺。
國外一些學者的研究工作，已涉及角蛋白酶高級結構、活性表達分子基礎以及酶工程等分子生物學上的研究，主要集中在地衣形芽孢桿菌的角蛋白酶基因，已測出其編碼序列。而國內對角蛋白酶的研究還基本停留在產角蛋白酶菌的分離、篩選、角蛋白酶的分離純化及理化性質的研究，以及角蛋白酶的作用機制的初步研究。而且，研究的對象也極其有限，主要集中于對弗氏鏈霉菌的研究。而且以胞外酶的研究為主，對胞內酶的發表研究甚少，這主要是因為國內在角蛋白酶的分離提純上技術上的不完善。而且，豐富毛資源利用率低，在改善透皮藥物吸收方面的研究成果欠缺等問題亦急待解決。