目前已分離純化的角蛋白酶的分子量差異較大，從十幾kDa到幾百kDa不等。較小的為單體酶，有報道來自Nesternkonia spAL-20的角蛋白酶，分子量為18kDa，較大的為復合酶，如嗜熱厭氧菌產的角蛋白酶可達200kDa以上。大部分角蛋白酶的分子量集中在30～70kDa之間，如HSIN-HUNG LIN報道的銅綠假單胞菌（Pseudomonas aeruginosa）產的角蛋白酶大小為30kDa，嗜麥芽黃單胞菌（Xanthomonas maltophilia）產的角蛋白酶大小為36kDa，近平滑念珠菌（Candida parapsilosis）的角蛋白酶為60kDa。枯草芽孢桿菌產角蛋白酶的分子量為60kDa 。
底物特異性
角蛋白酶作用的底物除了角蛋白外，它還可水解多種蛋白質底物，包括可溶和不可溶的蛋白質。角蛋白酶可以降解如酪蛋白、明膠、牛血清白蛋白等可溶的蛋白質。也可以降解包括羽毛、羊毛、角質、人發、指甲等不可溶的蛋白質。個別角蛋白酶的底物范圍很窄，例如雞毛癬菌角蛋白酶只能降解鳥類羽毛，較難降解其它種類的角蛋白。
反應條件
角蛋白酶的最適反應pH以中性到堿性居多，一般為7到10之間。個別角蛋白酶最適pH可達到12左右。酸性角蛋白酶比較少，大都為某些真菌，如須毛蘚菌產的角蛋白酶最適pH為5.5，白色假絲酵母為4.0。
角蛋白酶的最適反應溫度一般在40℃～60℃，如Microbacterium的最適溫度在55℃，也有溫度要求較低或較高的角蛋白酶類，如Stenotrophomonas sp. D1.為20℃，而Fervidobacterium islandicum AW-1的膜結合角蛋白酶的最適溫度高達100℃。